互作转录组测序技术概述

新葡萄8883官网AMG的互作转录组测序技术DualRNA-seq，是一种高效的研究宿主与微生物之间相互作用的工具。该技术无需分离待测物种，可以在一次实验中同步分析多个互作物种间基因表达的动态变化。利用互作模型图，研究人员能够揭示物种之间基因调控的关系，从而深入理解它们的相互作用机制。

技术发展与应用

DualRNA-seq技术最初主要在感染性肺炎、炎症性肠病、龋齿和牙周炎等常见慢性感染性疾病的研究中得到了应用。随着研究的深入，该技术的应用范围逐渐扩大至肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物的研究，涵盖从原核微生物到真核微生物的互作，甚至深入到植物与微生物的相互作用研究。

实验流程与步骤

根据新葡萄8883官网AMG的研究方案，DualRNA-seq的实验流程可以总结如下：

• 宿主与微生物的共同提取：使用MolPure®Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit进行病原DNA/RNA提取（货号：18306ES）。
• gDNA消化：使用来自牛胰腺的Deoxyribonuclease I (DNase I)（货号：10607ES）。
• rRNA去除或polyA捕获：分别使用微生物核糖体去除盒和哺乳动物通用核糖体去除试剂盒（货号：12262ES + 12264ES或12266ES + 12264ES）。
• mRNA分离：采用Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2进行polyA捕获（货号：12629ES）。
• total RNA建库：使用Hieff NGS® EvoMax RNA Library Prep Kit（dUTP）进行建库（货号：12340ES）。
• 最终测序：建议选择带UMI标签的接头进行Illumina或MGI测序（例如货号：13370ES ~ 13371ES或13367ES ~ 13368ES）。

关键注意事项

在进行DualRNA-seq实验时，有两个关键注意事项。首先，样本选择至关重要，需要采集被感染组织的样本。然而，由于寄生微生物可能数量较少，提取RNA时往往会发现大部分为宿主生物的RNA，例如从寄生植物的叶片或根茎中提取RNA时，植物RNA占绝大多数。其次，在生信分析过程中，需要进行感染前后的差异比较，并对差异基因是否参与互作影响进行详细分析。这些步骤对于理解宿主与微生物之间的相互作用至关重要。

参考文献

1. Westermann AJ, Barquist L, Vogel J. Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq. Plos Pathogens, 2017, 13(2): e1006033.
2. Wolf T, Kämmer P, Brunke S, et al. Two's company: studying interspecies relationships with dual RNA-seq. Current Opinion in Microbiology, 2017, 42: 73.
3. Marsh JW, Humphrys MS, Myers GSA. Laboratory Methodology for Dual RNA-Sequencing of Bacteria and their Host Cells In Vitro. Front Microbiol, 2017 Sep 21; 8: 1830.